Interaction between genetic ancestry and common breast cancer susceptibility variants in Colombian women

Abstract

Latino women show lower incidences of breast cancer (BC) than non-Hispanic whites. Large-scale genetic association studies have identified variants robustly associated with BC risk in European women. We examine here the relevance of these variants to Colombian BC and possible interactions with genetic ancestry. Native American, European and African proportions were estimated for 1022 Colombian BC cases and 1023 controls. Logistic regression was applied to assess the association between 78 variants and BC risk and interactions between the variants and ancestry proportions. We constructed a multifactorial risk score combining established BC risk factors, associated risk variants and individual ancestry proportions. Each 1% increase in the Native American proportion translated into a 2.2% lower BC risk (95% CI: 1.4–2.9). Thirteen variants were associated with BC in Colombian women, with allele frequencies and risk effects partially different from European women. Ancestry proportions moderated the risk effects of two variants. The ability of Native American proportions to separate Colombian cases and controls (area-under-the-curve (AUC) = 0.61) was similar to the discriminative ability of family history of BC in first-degree female relatives (AUC = 0.58) or the combined effect of all 13 associated risk variants (AUC = 0.57). Our findings demonstrate ample potential for individualized BC prevention in Hispanic women taking advantage of individual Native American proportions, information on established susceptibility factors and recently identified common risk variants. © 2018 UICC

Las mujeres latinas muestran una menor incidencia de cáncer de mama (CM) que las blancas no hispanas. Los estudios de asociación genética a gran escala han identificado variantes fuertemente asociadas con el riesgo de cáncer de mama en mujeres europeas. Examinamos aquí la relevancia de estas variantes para la Columbia Británica y las posibles interacciones con la ascendencia genética. Se estimaron las proporciones de nativos americanos, europeos y africanos para 1022 casos de BC colombianos y 1023 controles. Se aplicó regresión logística para evaluar la asociación entre 78 variantes y el riesgo de cáncer de mama y las interacciones entre las variantes y las proporciones de ascendencia. Construimos una puntuación de riesgo multifactorial que combina factores de riesgo de BC establecidos, variantes de riesgo asociadas y proporciones de ascendencia individual. Cada aumento del 1% en la proporción de nativos americanos se tradujo en un riesgo de cáncer de mama un 2,2% menor (IC del 95%: 1,4-2,9). Trece variantes se asociaron con el CM en mujeres colombianas, con frecuencias alélicas y efectos de riesgo parcialmente diferentes a los de las mujeres europeas. Las proporciones de ascendencia moderaron los efectos de riesgo de dos variantes. La capacidad de las proporciones de los nativos americanos para separar casos y controles colombianos (área bajo la curva (AUC) = 0,61) fue similar a la capacidad discriminativa de los antecedentes familiares de CM en parientes mujeres de primer grado (AUC = 0,58) o la efecto combinado de las 13 variantes de riesgo asociadas (AUC = 0,57). Nuestros hallazgos demuestran un amplio potencial para la prevención individualizada de la BC en mujeres hispanas aprovechando las proporciones individuales de los nativos americanos, la información sobre los factores de susceptibilidad establecidos y las variantes de riesgo comunes recientemente identificadas. © 2018 UICC