Analysis of mitochondrial DNA in a sample of archaic bone remains from the Herrera period in the Bogotá savanna.

Abstract

Ancient bone remains constitute an important source of biological information, and their genetic characterization allows the confirmation or rebuttal of human affiliations proposed on the basis of non-molecular approaches. Pre-Columbian history of the Eastern Andes in Colombia has been divided into three main periods: (i) an early colonization by groups of hunter-gatherers, (ii) an intermediate period “Herrera” characterized by primitive agriculture and (iii) a late stage of Chibcha-speaking groups, with agriculture and ceramics (“agroalfarero”). Objective. The mitochondrial DNA on ancient bone remains of the Herrera period were analyzed for comparison with modern and other ancient DNAs. Materials and methods. Mitochondrial DNA was extracted from 11 Herrera individuals [~2,000 years before present (YBP)] found in the Madrid 2-41 archaeological site near Bogotá, Colombia. A 192 bp segment of the hypervariable segment I was amplified and sequenced, following 570 Silva A, Briceño I, Burgos J, et al. Biomédica 2008;28:569-77 Correspondencia: Alejandro Silva, Instituto de Genética Humana, Pontificia Universidad Javeriana, Carrera 7 Nº 40-62, Bogotá, D.C., Colômbia. Teléfono: (571) 320 8320, extensión 2792; fax: (571) 320 8320, extensión 2793 asilvae@unal.edu.co Recibido: 22/10/07; aceptado:08/09/08 stringent archaic DNA authenticity criteria. The sequences were compared with those in American and European databases using bioinformatics tools. Results. All individuals had identical sequences and were classified as haplogroup B. This identity may be related to the type of ritual burial performed in the site, probably exclusively for members of a hierarchically important family of the ancient Herrera society. The search for homologous sequences in the American and European mtDNA data bases produced no identical coincidences, although a Brazilian Amazonic individual (~4,000 YBP) was recorded with a matching sequence. Conclusion. Individuals buried in the Madrid 2-41 site were maternally closely related and showed a mtDNA sequence that is apparently absent in contemporary populations.

Los restos óseos arcaicos son fuente privilegiada de información biológica y su caracterización genética permite confirmar o descartar filiaciones propuestas por otras aproximaciones científicas. La historia precolombina de los Andes orientales se divide en tres periodos principales: i) un poblamiento temprano por parte de grupos cazadores-recolectores; ii) un periodo intermedio (Herrera) de pueblos con agricultura incipiente, y iii) un periodo tardío de pueblos chibchas, agrícolas y alfareros (agroalfarero). Objetivo. Analizar el ADN mitocondrial de restos óseos del periodo Herrera. Materiales y métodos. Se analizaron 11 individuos pertenecientes al yacimiento arqueológico Madrid 2-41, con una edad aproximada de 2.000 años. Un fragmento (192 pb) del segmento hipervariable I fue amplificado y secuenciado, siguiendo criterios estrictos de autenticidad de ADN arcaico. Las secuencias se compararon con las existentes en bases de datos de Norteamérica y Europa usando herramientas bioinformáticas. Resultados. Todas las secuencias resultaron idénticas y fueron clasificadas como haplogrupo B. Esto puede relacionarse con el tipo de entierro ritual practicado en Madrid 2-41, es decir, probablemente los individuos analizados hagan parte de una familia jerárquicamente importante en la antigua sociedad Herrera. La búsqueda de secuencias homólogas en las bases de datos estadounidense y europea no arrojó coincidencias exactas, aunque existe el reporte de un individuo amazónico de ~4.000 años de antigüedad (Brasil) cuya secuencia coincide con la hallada en Madrid 2-41. Conclusión. Los individuos del yacimiento arqueológico Madrid 2-41 están estrechamente emparentados entre sí por línea materna y presentan una secuencia aparentemente ausente en poblaciones actuales.