@misc{10818/62575,
year = {2022},
url = {http://hdl.handle.net/10818/62575},
abstract = {This study aims to mine a previously developed continuous-flow competitive exclusion culture (CFCEC) originating from the Tilapia gut microbiome as a rational and efficient autochthonous probiotic strain recovery source. Three isolated strains were tested on their adaptability to host gastrointestinal conditions, their antibacterial activities against aquaculture bacterial pathogens, and their antibiotic susceptibility patterns. Their genomes were fully sequenced, assembled, annotated, and relevant functions inferred, such as those related to pinpointed probiotic activities and phyloge-nomic comparative analyses to the closer reported strains/species relatives. The strains are possible candidates of novel genus/species taxa inside Lactococcus spp. and Priestia spp. (previously known as Bacillus spp.) These results were consistent with reports on strains inside these phyla exhibiting probiotic features, and the strains we found are expanding their known diversity. Furthermore, their pangenomes showed that these bacteria have indeed a set of so far uncharacterized genes that may play a role in the antagonism to competing strains or specific symbiotic adaptations to the fish host. In conclusion, CFCEC proved to effectively allow the enrichment and further pure culture isolation of strains with probiotic potential. © 2022 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.},
abstract = {Este estudio tiene como objetivo extraer un cultivo de exclusión competitiva de flujo continuo (CFCEC) previamente desarrollado que se origina en el microbioma intestinal de tilapia como una fuente de recuperación de cepas probióticas autóctonas racional y eficiente. Se probaron tres cepas aisladas para determinar su adaptabilidad a las condiciones gastrointestinales del huésped, sus actividades antibacterianas contra patógenos bacterianos de la acuicultura y sus patrones de susceptibilidad a los antibióticos. Sus genomas fueron completamente secuenciados, ensamblados, anotados y se infirieron funciones relevantes, como las relacionadas con actividades probióticas identificadas y análisis comparativos filogenómicos con las cepas/especies más cercanas reportadas. Las cepas son posibles candidatas a nuevos taxones de género/especie dentro de Lactococcus spp. y Priestia spp. (anteriormente conocido como Bacillus spp.) Estos resultados fueron consistentes con informes sobre cepas dentro de estos filos que exhiben características probióticas, y las cepas que encontramos están ampliando su diversidad conocida. Además, sus pangenomas mostraron que estas bacterias tienen efectivamente un conjunto de genes hasta ahora no caracterizados que pueden desempeñar un papel en el antagonismo con cepas competidoras o adaptaciones simbióticas específicas con el pez huésped. En conclusión, CFCEC demostró permitir eficazmente el enriquecimiento y un mayor aislamiento en cultivo puro de cepas con potencial probiótico. © 2022 por los autores. Licenciatario MDPI, Basilea, Suiza.},
publisher = {Microorganisms},
title = {Competitive Exclusion Bacterial Culture Derived from the Gut Microbiome of Nile Tilapia (Oreochromis niloticus) as a Resource to Efficiently Recover Probiotic Strains: Taxonomic, Genomic, and Functional Proof of Concept},
title = {Cultivo bacteriano de exclusión competitiva derivado del microbioma intestinal de la tilapia del Nilo (Oreochromis niloticus) como recurso para recuperar eficientemente cepas probióticas: prueba de concepto taxonómica, genómica y funcional},
doi = {10.3390/microorganisms10071376},
author = {Melo-Bolívar, Javier Fernando and Pardo, Ruth Yolanda Ruiz and Junca, Howard and Sidjabat, Hanna Evelina and Cano-Lozano, Juan Andrés and Díaz, Luisa Marcela Villamil},
}